本罪的主体为特殊主体，只有国家机关工作人员才能构成本罪。非国家机关工作人员如企业、事业单位、各民主党派、妇联、工会、共青团等人民团体、社会团体的工作人员以及虽在国家机关工作但没有从事公务的人员都不能成为本罪主体，不构成本罪，构成犯罪的，应以他罪如窝藏、包庇罪等治罪科刑。所谓国家机关，是中国共产党的机关、权力机关、行政机关、政协机关、审判机关、检察机关、军事机关等。
本罪侵犯的客体是复杂客体，包括正常的社会秩序和国家机关的正常管理活动。国家机关工作人员包庇、纵容黑社会性质组织及其违法犯罪活动的行为，是对正常的社会秩序构成严重威胁和危害的行为。黑社会性质组织犯罪是威胁和危害正常社会秩序的主要因素之一。黑社会性质组织的萌生滋长，其违法犯罪活动的猖獗嚣张，在很大程度上是与某些国家机关人员对他们的恣意包庇和任意放纵分不开的。此外，国家机关工作人员背弃己责，与黑社会性质组织相互勾结，或者向其屈服低头，放任甚或助成他们危害国家、社会和民众，还将造成对国家机关正常管理活动，特别是国家机关预防、遏制、惩治黑社会性质组织犯罪，维护正常社会秩序管理活动的侵害。
本罪在主观方面必须出于故意，即明知是黑社会性质的组织而包庇，是黑社会性质的组织进行的违法犯罪活动而纵容。过失不能构成本罪。不知是黑社会性质的组织或者由其进行的违法犯罪活动，而决意包庇或纵容的，不能构成本罪，构成犯罪的，也应是他罪如窝藏、包庇罪、包庇毒品犯罪分子罪、放纵走私罪等。至于动机，有的是为了获取贿赂;有的是迷恋女色;有的是碍于情面;有的是讨好上级;有的是怕隐私被揭露、名誉被毁坏;有的是担心生命、健康安全;等等。动机如何，并不影响本罪成立。
本罪在客观方面表现为包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行的违法犯罪活动之一的行为。
所谓包庇，根据最高人民法院20∞年12月4日通过、2000年12月4日通过、2000年12月10日开始实行的《关于审理黑社会性质组织犯罪的案件具体应用法律若干问题的解释》第5条规定，是指国家机关工作人员为使黑社会性质组织及其成员逃避查禁而通风报信，隐匿、毁灭、伪造证据，阻止他人作证、检举、揭发，指使他人作伪证，帮助逃匿，或者阻挠其他国家机 相关图书关工作人员查禁等行为。(1)包庇的对象为黑社会性质组织，而非其中个别成员。因此，不知道他人系某一黑社会性质组织的成员，只认为是其他犯罪分子而包庇的，不能以本罪论处。知道是某一黑社会性质组织的成员，但不是出于包庇整个黑社会性质组织的意图，如父亲知道儿子是某一黑社会组织的成员，但这一黑社会性质组织的所有情况都不知道，只是想让其子不受惩罚从而实施包庇行为的，即使客观上会因其子无法及时受到追究从而使得黑社会性质组织不能及时发现，也不应以本罪的包庇行为论。当然，包庇黑社会性质组织乃是通过包庇其成员来实现的。如果知道是某一黑社会性质组织的成员，出于包庇整个黑社会性质组织的目的，如受黑社会性质组织的成员尤其是主要成员之托，或者黑社会性质组织的其他成员通风报信、反馈信息、共同商量的等，即可认定为包庇黑社会性质组织。(2)包庇行为的本质在于使黑社会性质组织及其成员逃避查禁。既可以利用国家机关工作人员的职务、地位、影响等便利，也可以不利用国家机关工作人员的职位、地位、影响等便利。从司法解释看，本罪的行为方式涉及通风报信，隐匿、毁灭、伪造证据，阻止他人作证、检举、揭发，指使他人作证，帮助逃匿等许多并不需要利用职务之便就可实施的行为。是否利国家机关工作人员的职务、地位、影响等便利条件进行包庇，不应影响本罪成立。另外，本罪没有纳入渎职罪的范畴，从这种意义上来说，也不要求国家机关工作人员一定滥用职权进行包庇。
所谓纵容，是指国家机关工作人员不依法履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为，即明知是黑社会性质的组织进行的违法犯罪活动而放纵、宽容，对之听之任之，放任不管，不予制止，不加查处。构成本放纵行为主体的主要公安、检察、法院机关的工作人员，其担负着查禁黑社会性质组织及其进行的违犯罪活动的职责。但是，一些党委、政府、人大等机关的工作人员，工商、税务、海关、质量技术监督、商检等部门的工作人员，依法也具有查禁违法犯罪活动或者领导查禁违法犯罪活动的职责，因此也有可能放纵黑社会性质组织的违法犯罪动，构成犯罪的，自然可以构成本罪。不依法履行职责而纵容黑社会性质组织进行的违法犯罪活动，既包括完全、根本不履行职责，即见之而按兵不动，又包括履行职责，但不严格依法办事，不全面、认真履行查处职责，只是装模作样，应付上级，还包括不依法及时查处，故意拖延等。
本罪的包庇行为对象为黑社会性质组织，纵容行为的对象则为黑社会性质组织进行的违法犯罪活动。因此，两者有时可能发生混淆。如黑社会性质组织进行了违法犯罪活动，具有查禁职责的国家机关工作人员明知是黑社会性质组织，但把它当作维持社会治安或者发展地方经济的“有功之臣”而不加查处，此时就是放纵;如果在他人查处时而不准查处、阻止查处，则就属于包庇。区分两者的关键往往不在于对象的区分，而在于行为实质的区别，即纵容是不依法履行职责的行为，包括消极的不作为，而包庇则是一系列的为使其逃避查禁而实施的包庇、窝藏、阻碍作证、伪造、毁灭证据等的一系列积极的作为。具有查禁职责的国家机关工作人不依法查处黑社会性质组织的违法犯罪活动，本身就属于纵容，如果再实施通风报信、阻止他人作证等行为的，则又属于包庇，尽管如此，也不实行并罚，只以本罪一罪即包庇、纵容黑社会性质组织罪依法追究行为人的刑事责任。
黑社会性质组织是黑社会组织不完全的、非成熟的初级形态，具有黑社会组织的基本的主要的特征，不能以黑社会组织的条件、标准衡量黑社会性质组织。但反过来，黑社会组织则是黑社会性质组织发展到最后的、完全的、成熟的高级形态，其不仅具有黑社会性质组织的所有特征，还具备黑社会性质组织所没有的特征。因比，对于境外黑社会组织在我国境内进行的包括入境发展黑社会组织成员在内的违法犯罪活动，国家机关工作人员无疑应当依法查处，不能包庇、纵容。如果包庇、纵容的，则完全可以本罪依法追究行为人的刑事责任。