犯本罪的，处三年以下有期徒刑；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。
犯擅自改变武器装备编配用途罪而造成特别严重后果的，是本罪的加重处罚事由。这里的特别严重后果，是指毁损重要武器装备的，伤亡多人的，严重影响部队执行重要任务的等。