犯本罪的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
本罪只追究聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众扰乱军事管理区秩序犯罪活动中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子；“积极参加的”，是指主动参加扰乱军事管理区秩序犯罪活动的，在实施犯罪起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。
对聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。