区分本罪的既遂与未遂，关键的是合理确定区分标准。关于这个问题，刑法学界存在着以下不同意见：
l、着手说。认为劫持航空器的犯罪属于行为犯，只要行为人一开始着手实施劫持行为，无论该行为持续时间长短，无论把航空器劫持到哪里，均构成劫持航空器罪的既遂。只有在特殊情况下，如罪犯已将犯罪工具带入航空器内，在准备开始着手实施劫持行为就被抓获，因而未能实施劫持行为的，才构成该罪的未遂。
2、目的说。认为犯罪人劫持航空器的目的一般是要外逃，因此，行为人在着手实施劫持行为后，把航空器劫持到了他指定的地点，劫机外逃取得了成功，才算该罪的既遂;如果末能使航空器劫持到预定的降落地，就是该罪的未遂。
3、离境说。认为行为人着手实施劫持行为后，被劫持的航空器飞出了本国的领域以外，即飞出了国境线的，构成该罪的犯罪既遂;否则就是未遂。
4、控制说。认为行为人着手实施劫持行为后，已经实际控制了该航空器的，为该罪的既遂，未能控制该航空器的，为未遂。
我们认为控制说较为合理：首先，控制说的主张符合国际和国内立法的精神。《海牙公约》第1条明确规定：在飞行中的航空器内的任何人，如果用暴力或用暴力威胁，或采用任何其他恐吓方式，非法劫持或控制该航空器，或企图采取任何这种行为，或是犯有或企图犯有任何这种行为的人的从犯，都是犯了作为公约的对象的犯罪。依据公约规定，国际法是将劫持航空器的犯罪划分为罪犯和嫌疑犯两种的。而嫌疑犯是一种犯罪性质不确定的人犯，其中包括劫持航空器的预备犯和未遂犯，也包含在航空器内构成其他犯罪的罪犯，且不论是罪犯或嫌疑犯都存在着共同犯罪形式。显然，国际公约是以犯罪分子是否劫持或控制该航空器作为既遂与未遂标准的，而不是以犯罪分子的犯罪目的是否达到或被劫持的航空器是否飞出国境线作为标准的。本条也明确规定:以暴力、胁迫或其他方法劫持航空器的构成劫持航空器罪。因此，犯罪分子在着手实施劫持行为，并已达到非法劫持或控制该航空器的程度，就具备了犯罪构成的全部要件，应是劫持航空器罪的犯罪既遂;如果犯罪分子在着手实施劫持行为后，因其意志以外的原因未能达到非法劫持或控制该航空器的程度，就应认定为未完成犯罪而构成本罪的未遂。其次，采用控制说为划分既遂与未遂的标准，更能反映劫持航空器罪的本质特征。国际公约中规定的危害民用航空安全的犯罪，不仅包括非法劫持航空器的犯罪，而且包括其他危害民用航空安全的犯罪。其他危害民用航空器安全的犯罪，虽然也危及了飞行的安全，但却不完全有其非法劫持的性质。而犯罪分子一旦实施了劫持行为，并实际控制了被劫持的航空器，就对该航空器以及旅客生命、财产安全以及公共安全造成了实际的威胁或破坏，这也正是劫持航空器罪的本质特征所在。因此，将犯罪人实际控制该航空器作为犯罪既遂的标准挺合适的。至于着手说、目的说或离境说，作为划分本罪既遂与未遂的标准，不符合法律的规定和本罪的本质特征，因此是不可取的。
根据有关国际公约的规定，危害民用航空安全或秩序的犯罪包括三类，一类是空中劫持罪，又称非法劫持航空器罪、劫机罪，与我国的劫持航空器罪相同。该罪是在1963年的《东京公约》规定的犯罪。二是危害国际民用航空安全罪。就一般意义而言，劫持本身也是一种危害民用航空安全的犯罪，但是鉴于空中劫持的严重性，1970年的《海牙公约》已将其规定为一种独立的国际犯罪。所以，危害民用航空安全罪，实际上是除劫持航空器以外的其他危害国际民用航空安全的行为。根据《蒙特利尔公约》及其议定书的规定，危害国际民用航空安全罪在客观上包括下列犯罪行为，l、对飞行中的航空器内的人实施可能危及航空器安全的暴力行为；2、破坏或损坏使用中的航空器而使其不能飞行或危及其飞行安全的行为；3、在使用中的航空器内放置具有破坏或损坏该航空器而使其无法飞行或危及飞行安全的行为：4、破坏或损坏航行设备或妨碍其操作以至危及飞行中的航空器安全的行为；5?在国际机场上实施足以危害民用航空安全的暴力行为；6、传送明知虚假的、可能危及飞行中的航空器安全的情报的行为；7、上述行为的未遂行为；8、教唆、共谋或帮助上述犯罪的行为。三是妨害国际航空罪，即指除前两类罪以外的其他破坏国际航空秩序的犯罪行为，诸如在飞行中的航空器内实施还尚不至危及到该航空器安全的暴力(谋杀行为、伤害行为、绑架、劫持人质)的行为，严重妨害机组人员正常活动的行为等。这类犯罪，虽然不直接危及到航空器的安全，但是也直接破坏了国际民用航空的正常秩序，因而也是一种破坏国际民用航空秩序的犯罪。
我国的劫持航空器罪与上述第一种犯罪相同，而不包括后两类犯罪。那么出现了后两类犯罪行为后如何处理?我们认为，对于不是出于劫持的目的，故意或过失损坏使用中的航空器或航行设备，以致航空器不能飞行或可能危及飞行安全的，应分别适用新刑法第116条、117条的破坏交通工具罪和破坏交通设施罪，而不宜认定为劫持航空器罪。对于出于非法占有为目的，在飞行航空器内以暴力或以暴力相威胁手段抢劫财物的，不论是否致人重伤、死亡，因航空交通的特殊情形，都可能危及飞行安全，因此，应认定为抢劫罪，并适用法第263条第1款第2项之规定从重处罚。
1987年6月23日全国人大常委会通过《关于对中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行行使刑事管辖权的决定》规定:对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内，行使刑事管辖权。我国刑法第9条规定:对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内行使刑事管辖权的，适用本法。
我国先后加入了《东京公约》、《海牙公约》和《蒙特利尔公约》。《东京公约》的规定主要是以所谓旗帜法为依据的，也就是说，管辖权由航空器登记国行使。但《海牙公约》、《蒙特利尔公约》均规定了普遍管辖原则，要求缔约国对公约规定的罪犯或起诉或引渡。
普遍管辖原则，亦称世界主义原则，是指对于某些危及人类安全的国际犯罪，不论犯罪人国籍如何以及犯罪地何在，也不论侵犯了何国利益，世界各国均对其具有管辖权。对于劫持航空器罪，我国及其他各缔约国均可以根据国际公约规定，不论犯罪行为或者犯罪结果发生在何地，也不论犯罪人国籍如何，只要犯罪人在本国境内，就可以对其行使刑事司法管辖权，并依照本国法律予以惩治。应当强调的是，根据三个国际公约规定的原则和基本精神及我国刑法规定，凡劫持我国航空器进入他国的，我国仍对犯罪分子具有刑事司法管辖权，有关国际或地区的司法当局应根据有关国际公约的引渡条款予以配合。
所以，对于本罪的罪犯，在下列情形下，我国有权行使管辖权：
(1)在我国登记的航空器内犯本罪;
(2)在里面发生犯罪的航空器，在我国领土上降落而嫌疑犯还在该航空器内；
(3)在租来时不带机组的航空器内犯有罪行而租机人在我国有主要营业地，或无主要营业地而有永久住所。我国对罪犯实施管辖权，就应依照我国刑法的有关规定予以惩处，即根据本条规定定罪量刑。
根据上述公约，即便不属于前述的三种情形，如果犯本罪的嫌疑犯进入我国境内，我国不予引渡时，也应行使管辖权，依我国刑法的有关规定予以惩处。