(一)区分本罪的既遂与未遂
本罪主观方面虽然具有牟取非法利益的目的，但其既遂的标准不是以目的是否实现为标准的。行为人只要出于故意实施了伪造、变造股票或公司、企业债券的行为，一达到数额较大，即构成本罪既遂，其目的是否实现则没有影响。行为人出于故意实施伪造、变造行为，但由于意志以外的原因尚未完成，只要能查明其足以达到数额巨大的标准，则就可构成本罪未遂。
(二)本罪与伪造、变造国家有价证券罪的界限
两者在主观方面、客观行为方式、主体、客体都相一致，所不同的则是对象不同。本罪的对象虽然亦为有价证券，但其属于公司、企业依法发行的一种有价证券;而后罪的对象则是国家发行的有价证券，其危害性比本罪更大。
(三)本罪与诈骗罪的区别
本罪在客观方面表现为伪造、变造股票或者公司、企业债券的行为。如果没有此种伪造、变造行为，而是直接将假的或失效的甚或其他票证用之去骗取财物，则应以诈骗罪定性，而不是构成本罪。如果伪造、变造股票或公司、企业债券后又用之骗取钱财的，则属牵连行为，根据牵连犯择一重罪处罚的原则应选择一重罪定罪科刑。