两者的主要区别:
1、主体要件和犯罪对象不同。本罪的主体是特殊主体，即必须是与被害人构成隶属关系的首长，犯罪对象则仅限于与行为人构成隶属关系的部属。故意伤害罪为一般主体，军职人员和一般公民均可构成，而且不要求行为人与被害人之间有特定关系。
2、犯罪的客观表现不同。本罪是一般表现为经常打骂、冻饿等等方法对被害人进行肉体或者精神的摧残、折磨，其结果不仅可能引起伤害，还可能引起其他严重后果，而故意伤害罪一般表现为以暴力或其他手段直接伤害他人的身体，其结果是造成被害人身体的组织完整性或者各种器官的正常功能遭到破坏。因此，如果部队的领导人员对自己的部属不是采取上述虐待的手段，而是以伤害他人身体为目的采用枪击、刀刺等暴力手段，直接造成他人身体伤害的，应依照本法关于故意伤害罪的规定定罪判刑，不能定虐待部属罪。
非法拘禁罪是指以拘留、禁闭或其他强制方法，非法剥夺他人人身自由的行为，属于侵犯人身权利罪范围。军职人员虐待、迫害自己的部属，手段多种多样，禁闭也是其中的手段之一。因此，在虐待部属过程中，间或有非法拘禁行为的，仍应以虐待部属罪论处，不定非法拘禁罪。但是，如果不是出于虐待部属的目的，也没有经常虐待、迫害部属的事实，而是由于其他原因或个人目的非法拘禁自己的部属，构成犯罪的，应当以非法拘禁罪论处。
1、虐待部属罪侵害的客体是官兵一致的上下级关系和部属的人身权利，而侮辱罪侵害的客体是公民的人格和名誉权。
2、虐待部属罪的虐待行为是直接折磨、摧残部属的肉体和精神，并因此而致人重伤或者造成其他严重后果，而侮辱罪的侮辱行为是直接损害部属的人格和名誉，但并不要求必须造成严重后果。
3、虐待部属罪的行为人是有权指挥他人的人，他与被害人之间有隶居关系，属于军人违反职责罪中的特殊主体，而侮辱罪的行为人与被害人之间没有特殊关系，居于一般主体。
4、虐待部属罪是过失犯罪，而侮辱罪是故意犯罪。对这类案件在定罪时，如果符合虐待部属罪的构成要件的，应定虐待部属罪，而将侮辱行为作为从重处罚的情节；如果不符合虐待部属罪的构成要件而符合侮辱罪的构成要件的，则应定侮辱罪，而将虐待行为作为从重处罚的情节。单纯侮辱部属人格和名誉的行为，只能定侮辱罪而不能定虐待部属罪。