适用本罪时，应注意区分伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪与伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪及盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪的界限。
两者在犯罪对象、犯罪行为方式上都有易混淆之处，其主要区别在于：
1、侵犯的客体不同。前者侵犯的是国家的金融管理制度；后者侵犯的是国家机关、企业事业单位、人民团体的正常管理活动。
2、犯罪对象不完全相同。前者的对象是金融机构经营许可证；后者的对象是公文、证件和印章。金融机构经营许可证当然也是一种证件，因而两者在犯罪对象上有交叉。
3、行为方式不完全相同。前者除伪造、变造外，尚有转让；后者除伪造、变造外，尚有买卖、盗窃、抢夺，毁灭。在实践中，如果是伪造、变造、转让金融机构经营许可证的，虽然金融机构经营许可证也居于一种证件，但由于立法上予以特别规定，因此应以伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪论处。如果行为人盗窃、抢夺、毁灭金融机构经营许可证的，应以盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪论处。