二者虽然都有“卖淫”的内容，但它们的区别是明显的：1、二者侵害的客体不完全相同。本罪侵害的客体是复杂客体，即既侵犯了社会主义道德风尚，同时又侵犯了公民的人身权利;而组织卖淫罪侵犯的是单一客体，即社会主义道德风尚。2、客观方面不同。本罪的犯罪客观方面表现为强迫没有卖淫意愿者去卖淫;组织卖淫罪的客观表现则是把自愿卖淫者组织起来进行卖淫。假如行为人以暴力、胁迫等方法组织他人卖淫，此属于想象竞合犯，应按照处理想象竞合犯的原则处理，即从一重罪处断。鉴于本罪与组织卖淫罪的法定刑完全相同，故对行为人之行为仍可以强迫卖淫罪定罪处罚。
由于本罪在客观上亦表现为以暴力、胁迫等方法强迫被害人与他人发生性行为，故与强奸罪就有了若干相似之处。但二者的区别是明显的：1、二者侵害的客体不同。本罪侵害的客体是社会主义的道德风尚与公民的人身权利;而强奸罪侵害的客体是妇女的性自由权利。2、二者侵害的对象不同。本罪侵害的对象既可以是女性，又可以是男性;而强奸罪侵害的对象只能是女性。3、行为人的故意内容不同。本罪行为人的故意内容是为了获取钱财而强迫他人卖淫;强奸罪的行为人则是为了同他人发生性关系而实施暴力、胁迫等行为。值得注意的是：如果行为人为使被害妇女从心理上消除贞操意识，而先对妇女实行强奸，然后逼其卖淫，是定强迫卖淫罪还是以强迫卖淫罪与强奸罪实行数罪并罚?对此，我国学者有不同看法。但由于刑法第358条第1款第4项已把“强奸后迫使卖淫的”明确规定为强迫卖淫的严重情节之一，故此种情况下，对行为人以强迫卖淫罪从重处罚即可。但是，如果被强奸的妇女并未被迫卖淫，则应对强奸行为以强奸罪论处。