(一)本罪与伪造、变造、买卖国家机关公文证件、印章罪的界限
二者的犯罪的客体、主体、主观方面都是一致的，主要区别在于客观方面的差别，后罪表现为伪造、变造、买卖国家机关公文证件、印章的行为。如果行为人盗窃、抢夺真实的国家机关公文、证件、印章后加以变造、买卖的，或毁灭买卖的国家机关公文、证件、印章的，应当如何定罪?由于行为人先后触犯两种犯罪，而两者犯罪又具有牵连关系，因此应按牵连犯的原则论处。但二罪的法定刑的是一致的。
(二)本罪与盗窃罪、抢夺罪、故意毁坏财物罪的界限
主要表现在：(1)侵犯的客体不同，后三罪侵犯的客体是公私财物的所有权;(2)侵犯的对象不同，后三罪侵犯的对象是一定的公私财物;(3)犯罪目的不同，后三罪的犯罪目的意在非法占有或毁坏公私财物。如果行为人意欲盗窃、抢夺公私财物，但窃取、夺取的是国家机关公文、证件、印章，或同时有国家机关公文、证件、印章，而后予以毁灭、买卖或加以变造的，应当以盗窃罪、抢夺罪与本罪或与变造国家机关公文、证件、印章罪进行并罚。
(三)本罪与盗窃、抢夺武装部队公文、证件、印章罪的界限
(1)侵犯的客体不同，后罪侵犯的是国家武装部队的信誉和正常管理活动。(2)侵犯的对象不同，后罪侵犯的是武装部队的公文、证件、印章。依据第375条第1款规定，毁灭武装部队公文、证件、印章的，不构成该罪。如果毁灭军事机关的公文、证件、印章的，可考虑以本罪论处。