(一)本罪与非罪的界限
串通投标罪与串通投标违法行为的界限，关键在于该行为的情节严重与否，情节严重者构成犯罪，否则不以犯罪论，对于何为情节严重，应当由最高法院作出司法解释。在认定情节严重与否时，应当考虑犯罪手段是否恶劣、是否屡教不改、行为的结果及社会影响等因素，作出综合判断。
(二)本罪与贿赂罪牵连行为的认定
在行为人犯串通投标罪的同时，往往可能牵连犯有贿赂罪、侵犯商业秘密罪等罪名，如投标人贿赂招标人许以特定经济利益，诱使其泄露标底，或者招标人接受贿赂，泄露标底等商业秘密。由此可见，基于本罪特点，往往可能出现牵连犯罪的情况。对于此种牵连犯罪行为，因无法律的特别规定，应依法理，适用以一重罪处断为宜。