旅行社和出入境部门都可办理。
陕西具有入台证办理资格的有7家旅行社：
西安光大国际旅行社
西安中旅国际旅行社
中国康辉西安国际旅行社有限公司
中国旅行社总社西北有限公司
西安中国国际旅行社
陕西中国旅行社有限责任公司
陕西海外旅游有限责任公司
《中国公民往来台湾地区管理办法》(1991年12月17日国务院令第93号，2015年6月14日予以修改)
第十三条：台湾居民要求来大陆的，向下列有关机关申请办理旅行证件：
(一)从台湾地区要求直接来大陆的，向公安部出入境管理局派出的或者委托的有关机构申请;有特殊事由的，也可以向指定口岸的公安机关申请;
(二)到香港、澳门地区后要求来大陆的，向公安部出入境管理局派出的机构或者委托的在香港、澳门地区的有关机构申请。
第二十三条：台湾居民来往大陆通行证系指台湾居民来往大陆通行证和其他有效旅行证件。