（一）申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理部门提交申请材料并按规定采集指纹信息；
（二）受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具《受理申请回执单》；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容；对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
（三）审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定，不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
（四）申请人领取证件。
内地居民可按需单独申领往来港澳通行证。内地居民同时申请往来港澳通行证和签注，或者持有效往来港澳通行证单独申请签注的，依据不同事由须具备相应条件：
（一）探亲：探望在香港或者澳门定居、长期居住、就学或者就业的亲属；申请人的配偶、未满18周岁子女可随同申请。“亲属”是指配偶，父母或者配偶的父母，子女或者子女的配偶，兄弟姐妹，（外）祖父母、（外）孙子女；“随同申请”是指与主申请人同时申请相同有效期和次数的探亲签注。
（二）商务：企业机构人员、个体工商户经营者赴香港、澳门从事商务活动的或者驾驶专用交通工具往返广东省与香港或者澳门。“企业机构”是指经国家工商管理部门登记注册，具有独立法人资格的企业及其分支机构；在国家税务部门办理了税务登记的从事生产经营活动的机构；境外企业常驻内地代表机构。申请多次商务签注的，企业机构须事先向所在地有审批权的公安机关出入境管理部门备案。
（三）团队旅游：参加国家旅游局指定旅行社组织的团队赴香港或者澳门旅游。
（四）个人旅游：开办个人赴港澳旅游业务城市的常住户口居民，或者符合国家移民管理局规定条件的非常住户口居民，申请个人赴香港或者澳门旅游。
（五）逗留：经香港有关部门批准赴香港随任、就学、就业、居留、培训以及作为受养人赴香港依亲的；经澳门有关部门批准赴澳门随任、就学、就业人员，经澳门有关部门批准赴澳门居留的就业人员亲属。
（六）其他：因治病、奔丧、探望危重病人、诉讼、应试、处理产业、学术交流等特殊事由申请赴香港或者澳门；持逗留签注在香港（澳门）期间，申请前往澳门（香港）的。