一、2020云南农村合作医疗报销比例
1、门诊医药费补偿标准及结报程序
普通门诊医药费补偿：按照赔偿规定，赔偿额为55%，每人每日不超过40元。没人每年补偿限额为100元，年度补偿额不足100元，余下部分会累计下一年使用。参加农村合作医疗定点医疗机构就诊，就诊的时候必须出示身份证与合医卡，进行网络刷卡时结报。
大额门诊医疗费用：参加农村合作医疗使用普通门诊年度补偿金额(100元)以后，全年发生未结报门诊医药费用的起付线为2000元，超过起付线门诊医药费用按照25%予以补偿，全年累计不成限额为1500元。由各镇乡年终统一办理结报。
2、住院医药费结报程序及时限
在本市定点医疗就诊入院，参加农村合作医疗需带上本人身份证、新型农村合作医疗卡办理住院手续。出院的时候，由所在医院按照补偿相关规定给予实时结报。在市外以及以上的医院发生住院医药费，参加农村合作医疗者出院以后将新型农村合作医疗卡、身份证、转院转诊单、务工或探亲证明和所住医院出具的医药费用清单、出院小结、医药费发票原件等材料交镇乡财政所初审，由市合管办审核结报。补偿时限：下年度1月30日之前。逾期作自动放弃，不予报销。跨年度的医药费转下年度结报。
3、住院医药费补偿标准
①起付线。参加农村合作医疗补偿范围，市外医院600元，市区二甲医院(人民医院、中医院)400元，市内其它定点医院100元。每次住院符合补偿范围的医药费用不超过起付线的不予补偿。
②补偿比例。如何补偿范围在起付线以上医疗费用，二甲医院按75%补偿，定点医院按90%补偿。经转院到市外定点医疗机构就诊的按市区二甲医院补偿比例的80%补偿，未经转院到市外医院就诊的按区二甲医院补偿比例的70%补偿。务工(探亲)参照转院到市外定点医院的标准予以补偿。每人每年累计补偿最高限额200000元。
二、农村合作医疗可以补交吗
农村合作医疗不能补交。农村合作医疗每年缴纳时间为每年的11月份到12月份尾，生效时间为次年的1月1日，也就是说农民参加合作医疗必须在每年11-12月参保，次年补交只能在下一年才能生效。