依据我国相关的规定，农村土地承包经营权流转发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决，解决不了的可提起诉讼。
《中华人民共和国农村土地承包法》
第五十五条 因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
第五十六条 任何组织和个人侵害土地承包经营权、土地经营权的，应当承担民事责任。
农户自主流转其承包经营权的，按以下程序办理：
1、流转双方洽谈磋商，认定流转方式、流转时间、流转价格以及流转收益支付方式等。
2、流转双方在协商一致的基础上签订书面合同，由流转双方本人签章。
3、流转合同签订后，承包农户应将签字后的土地承包经营权流转合同分别报送土地发包方和所在乡(镇、街道)农村土地流转服务中心存档。
4、土地发包方和乡(镇、街道)农村土地承包经营权流转服务中心收到承包农户递交的书面流转合同后，应当予以必要的审核，如有不妥应给予指正。如发现违背国家法律法规的，应依法予以制止。