上海排污许可证办理不收费。
1、申请
(1)申请人登录上海市“一网通办”网上政务大厅点击立即办理进行申请。
(2)申请人建立企业账号后，登录平台系统，根据填报页面左侧导航，按照系统要求逐步填写许可证申请信息，页面填写完成后，点击页面下方的“下一步”按钮，填报下一页的内容，也可以点击“暂存”按钮，保存当前填报信息。按照系统平台要求上传相关附件文件，并按“下一步”提示完成操作。
(3)在平台系统的“信息公开”模块，点击“许可申请前信息公开发布”按钮，填写公开起止日期，进行信息发布(简化管理企业无需信息公开)。
2、受理
核发部门5个工作日内依据受理条件对申请材料进行审查，对申请材料齐全、符合法定形式的，作出受理的决定;对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次告知申请人需要补正的全部内容;对不属于本行政机关职权范围的，告知排污单位向有核发权限的部门申请。
3、审查和决定
核发部门依据审批条件组织对申请材料进行书面审查，15个工作日内作出是否准予许可的决定，
核发生态环境部门在20个工作日内不能作出决定的，经本部门负责人批准，可以延长10个工作日，并将延长期限的理由告知排污单位。依法需要听证、检验、检测和专家评审的，所需时间不计算在本条所规定的期限内。
4、制证与送达
自作出准予许可决定之日起10个工作日内，核发部门向排污单位发放加盖本行政机关印章的排污许可证，申请人通过窗口领取排污许可证正副文本，也可选择快递方式，由市生态环境局快递送达。