依据我国相关法律的规定，出口企业要办理出口退税的，可以通过口岸电子执法系统申报，由税务部门对退税申请进行审查。
《国家税务总局海关总署关于正式启用“口岸电子执法系统”出口退税子系统的通知》
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局，广东分署，各直属海关：
根据国家税务总局、海关总署的统一部署，“口岸电子执法系统”出口退税子系统联网试点工作已于2002年6月在全国全面试运行。试运行情况表明，“口岸电子执法系统”出口退税子系统出口货物报关单证明联(以下简称报关单“证明联”)数据的时效性较强，对加快出口退(免)税进度、进一步加强出口货物退(免)税管理具有重要的作用，且基本能够满足目前出口退(免)税工作的需要。据此，经研究，国家税务总局、海关总署决定自2003年1月1日起，在全国正式启用“口岸电子执法系统”出口退税子系统，并依据该系统报关单“证明联”电子数据申报办理出口货物的退(免)税。为确保此项工作的顺利运行，现将有关事项通知如下：
一、各地税务、海关部门要高度重视，切实加强“口岸电子执法系统”出口退税子系统联网运行工作的组织领导，密切配合，紧密协作，分工负责，及时解决运行中出现的各种问题，确保“口岸电子执法系统”出口退税子系统的运行畅通。
二、各地税务、海关部门要建立联系紧密、运转协调的跨部门信息沟通机制。在数据规范、信息传输、数据转换、单证打印等方面的运用上，要严格按照国家税务总局、海关总署有关文件的要求执行，不得自行变通。
三、各级税务部门要会同海关继续做好对出口企业的培训、宣传工作，确保出口企业有关人员能熟练操作，正常运用。
四、在“口岸电子执法系统”出口退税子系统的运行过程中，税务部门应做好以下具体工作：
(一)各级主管出口退税的税务机关应要求出口企业及时登录“口岸电子执法系统”出口退税子系统，核查并准确地确认和提交出口货物报关单“证明联”电子数据。要求核查并确认和提交报关单“证明联”电子数据的时间范围：2003年1月1日以后报关出口的纸质出口货物报关单“证明联”。
(二)出口企业进入“口岸电子执法系统”出口退税子系统核查报关单“证明联”电子信息时，要求网上数据项目必须与出口货物具体报关项目核对完全一致后，方可确认和提交报关单“证明联”电子数据。其中必须重点核对的项目有：海关编号(报关单号)、出口日期、出口口岸、经营单位编码、备案号、贸易方式、运抵国(贸易国别)、批准文号(收汇核销单号)、成交方式、运费、保费、杂费、商品编号、商品名称、第一数量、第一计量单位、第二数量、第二计量单位、成交数量及计量单位、总价、币制。
(三)由于目前部分海关试运行h2000系统，打印的报关单号是18位，而传往中国电子口岸数据中心和国家税务总局的电子数据是依照h883系统的报文格式打印的，报关单号为9位，因此，在全国海关统一实行h2000系统前，对此类报关单“证明联”，各地税务部门可比对后9位号码+标志位(0)+项号(2位)。比对全部18位+标志位(0)+项号(2位)的时间，另行通知。
(四)各地税务部门要及时维护清分规则，将国家税务总局下发的报关单数据及时、准确地清分给基层主管出口退税的税务机关。各地退税部门应通过报关单传输系统监控台查看不可清分数据，了解数据清分情况。对存在不可清分数据的情况，要及时调整清分方案，并交由当地信息中心根据新的清分方案调整清分程序。
(五)国家税务总局下传的报关单“证明联”电子数据分别为：企业按日确认的数据，代码：001;一个月终了后企业已确认和未确认的数据，代码：003;修改、更正数据，代码002。各级主管出口退税的税务机关在办理出口退税审核、审批手续时，必须使用“001”数据;主管征税的税务机关在办理生产企业出口货物免、抵税款申报、审核时，可使用“003”数据。
(六)对出口企业申报的出口货物退(免)税纸质申报凭证及其相关电子数据，主管出口退税的税务机关必须与总局下发的出口报关单“证明联”等电子信息进行严格审核、核对，对报关单“证明联”电子信息核对有误的，不予办理退(免)税。
(七)“口岸电子执法系统”出口退税子系统数据经出口企业网上确认后，其数据由中国电子口岸数据中心传输到国家税务总局，由中国电子口岸数据中心和国家税务总局共同负责传输数据的核对工作。国家税务总局清分给各地的数据，由各地税务部门管理。海关报关单数据在税务系统内部传输的核对办法，参见附件1。
五、各级海关应充分认识到报关单“证明联”电子数据录入、传输的质量，直接影响到税务部门办理出口货物退(免)税的正确性。保证报关单“证明联”电子数据与纸质单证数据的相一致，是确保“口岸电子执法系统”出口退税子系统顺利运行的基础。为此，各级海关应配合税务部门做好以下具体工作：
(一)各级海关要严格按照有关文件规定签发报关单“证明联”。同时该张报关单“证明联”的底帐数据随即通过海关总署传送至中国电子口岸数据中心，确保电子数据与纸质单证数据项目的严格一致。报关单“证明联”一经打印，不得人工修改，对确因录入、网络传输及系统故障等原因需要修改数据的，要收回原报关单“证明联”，重新打印并上传新电子数据，不得采取人工填写或修改后加盖印章的作法。
(二)各级海关要加强业务管理，严格业务操作规范。尤其是在成品油、煤炭、粮食、矿砂等大宗散装货物的进出口过程中，审单、接单部门在对进出口审单过程因报关单数据修改而进行的重审环节中，必须根据计算机系统提示的操作要求，进行计算机系统上的“复审计证”操作，不得省略，以确保报关单数据逻辑关系一致。
(三)应出口企业申请，海关应按照出口退(免)税法规的有关规定，在收到清洁仓单的五个工作日内签发报关单“证明联”;对转关运输的出口货物，启运地海关在收到出境地海关回复的书面回执联或转关电子回执后五个工作日内，签发报关单“证明联”。
(四)为保证“口岸电子执法系统”出口退税子系统联网运行的畅通，各海关要加强热线值班服务管理，落实专人负责，解答企业疑难问题并协助查询数据。为方便企业咨询，现公布全国海关“出口退税子系统”热线电话(附件2)及海关总署信息中心热线电话解答问题的范围(附件3)和中国电子口岸数据中心热线电话解答问题的范围(附件4)。