依据我国相关法律的规定，由施工总承包单位清偿农民工工资的情形包括分包单位拖欠农民工工资的、工程建设项目转包，拖欠农民工工资的等。
《保障农民工工资支付条例》自2020年5月1日起施行
第三十条 分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。
施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况进行监督。
分包单位拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。
工程建设项目转包，拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。
第三十一条 工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。
分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。
施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡，用人单位或者其他人员不得以任何理由扣押或者变相扣押。
第三十二条 施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。
工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。
工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。