网上办理流程
1.申请人登录广东省网上登记注册业务系统提出申请；（新用户进行注册并登录；已注册用户录入账号及密码进行登录，确认身份，上传电子材料。）
2.登记机关5个工作日对申请人提交的申请材料进行预审。申请人符合申请资格，且材料齐全、格式规范、符合法定形式的，予以预审通过；申请人不符合申请资格或材料齐全、不符合法定形式的，审核人员不予通过，退回修改，并告知申请人应当补正的全部材料及相关要求，修改后重新报送。（退回次数三次的，需重新发送申请。）
3.初审通过后，申请人自行将上传系统的申请材料及在“广东省网上登记注册业务系统”打印的《网上申报企业（ ）登记预审通知书》提交到登记窗口办理相关登记事项。
4.审查：
1）普通审查：林业局营林股经办人核查申请人材料，对申请人提交的材料进行审查，提出初步审查意见后。
2）因对申请材料的有效性存疑问需要现场检验检测而进行特殊审查的：实施机关在出具受理通知书60个工作日内，组织有关人员或专家进行现场检验检测并将申请材料交现场检查人员，现场检查人员按特殊审查方式审查量化表进行检验检测工作，并将检查意见交回实施机关，由原该许可受理人汇总有关材料提出初步审查意见后，报局领导核查，局领导核查后提出审查意见。
5.决定：林业局营林股负责人依据审查意见签署行政许可决定。予以许可的，由林业局营林股向申请人核发《林木种子生产经营许可证》；不予许可的，林业局营林股书面通知申请人并说明理由，告知申请人具有复议或诉讼权利及相关方式。
6.送达：实施机关自作出审批决定之日起10个工作日内在网上公开办理结果，并告知申请人。申请人可选择自取或者邮寄送达的方式取得办理结果。
窗口办理流程
1.申请：申请人通过现场方式提出申请，根据林业局营林股公布的申请材料目录，按要求提交申请材料。
2.受理：办理机关收到申请材料之日起5个工作日内作出受理或不予受理决定。经审查，材料不全或不符合法定形式的，办理机关应一次性告知申请人需补正的全部内容，申请人应在5个工作日内一次性予以补正。逾期不补正的作退件处理。
3.审查：
1）普通审查：林业局营林股经办人核查申请人材料，对申请人提交的材料进行审查，提出初步审查意见后。
2）因对申请材料的有效性存疑问需要现场检验检测而进行特殊审查的：实施机关在出具受理通知书60个工作日内，组织有关人员或专家进行现场检验检测并将申请材料交现场检查人员，现场检查人员按特殊审查方式审查量化表进行检验检测工作，并将检查意见交回实施机关，由原该许可受理人汇总有关材料提出初步审查意见后，报局领导核查，局领导核查后提出审查意见。
4.决定：林业局营林股负责人依据审查意见签署行政许可决定。予以许可的，由林业局营林股向申请人核发《林木种子生产经营许可证》；不予许可的，林业局营林股书面通知申请人并说明理由，告知申请人具有复议或诉讼权利及相关方式。
5.送达：实施机关自作出审批决定之日起10个工作日内在网上公开办理结果，并告知申请人。申请人可选择自取或者邮寄送达的方式取得办理结果。