依据我国相关法律的规定，行政协议纠纷当事人可以履行抗辩权，当事人依据民事法律规范的规定行使履行抗辩权的，人民法院应予支持。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》
第十八条 当事人依据民事法律规范的规定行使履行抗辩权的，人民法院应予支持。
第十九条 被告未依法履行、未按照约定履行行政协议，人民法院可以依据行政诉讼法第七十八条的规定，结合原告诉讼请求，判决被告继续履行，并明确继续履行的具体内容;被告无法履行或者继续履行无实际意义的，人民法院可以判决被告采取相应的补救措施;给原告造成损失的，判决被告予以赔偿。
原告要求按照约定的违约金条款或者定金条款予以赔偿的，人民法院应予支持。
有观点认为行政机关应走民事诉讼途径。持此观点的学者的主要依据为《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条。该条第二款规定，补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。新《行政诉讼法》将行政机关不履行行政协议，行政相对人的起诉纳入到行政诉讼的程序中，而根据我国行政诉讼的“民告官”、“行政机关恒为被告”的诉讼地位设置，行政机关只能以提起民事诉讼的程序救济权利。然而，行政相对人诉行政协议走行政诉讼途径，行政机关诉行政协议走民事诉讼途径，同一法律关系却以完全不同的诉讼程序解决争议，这样分别处理的局面势必会造成法律的割裂，难以达致公正。因此，民事诉讼这条道路是行不通的。
有观点认为行政机关应申请法院强制执行行政协议。笔者也同意这种观点。并且，此观点也被司法判例所确定(2015年4月16日《人民法院报》标题为行政协议相对人违约行政机关可申请法院强制执行>)。如前所述，行政协议兼具有行政性与民事合同的性质。行政相对人不履行行政协议，行政机关通过申请法院强制执行就是对相对人违约而实行行政权力的行政性体现。并且，根据《行政诉讼法》第97条规定，公民、法人或者其他组织对行政行为在法定期限内不提起诉讼又不履行的，行政机关可以申请人民法院强制执行，或者依法强制执行。这也为行政协议进入非诉执行阶段提供了法律依据。