上海农药经营许可证注销的机构是上海市农业农村委员会。
1、收件。申请人通过行政服务中心1号窗口、“一网通办”统一受理平台、物流快递等方式提交申请材料。收件工作人员依据申请材料目录及形式标准，对申请人提交的申请材料进行审核，对符合要求的出具收件凭证。
2、受理。受理工作人员5个工作日内，依据受理条件对申请材料进行审查，对申请材料齐全、符合法定形式的，出具《受理通知书》;对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次告知申请人需要补正的全部内容。
3、审查。市农药检定所经办人员5个工作日内，依据审批条件对申请材料进行审查，提出审查意见，然后将结果报市农业农村委审核。
4、决定。市农业农村委依据审批条件对相关审查意见进行复核，于5个工作日内作出是否准予审批的决定。
5、注销。发证窗口工作人员收回许可证。
《农药管理条例》
第二十四条第一款、第二款规定：国家实行农药经营许可制度，但经营卫生用农药的除外。农药经营者应当具备下列条件，并按照国务院农业主管部门的规定向县级以上地方人民政府农业主管部门申请农药经营许可证。
经营限制使用农药的，还应当配备相应的用药指导和病虫害防治专业技术人员，并按照所在地省、自治区、直辖市人民政府农业主管部门的规定实行定点经营。