依据我国相关法律的规定，单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，所以国有土地使用权证是由县级以上人民政府颁发的。
《中华人民共和国土地管理法》
第十一条 农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权;其中，中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由国务院确定。
确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《中华人民共和国森林法》、《中华人民共和国草原法》和《中华人民共和国渔业法》的有关规定办理。
1、交易中心接到交易申请材料后，对双方的交易行为进行验证、审核，符合转让条件的上报市国土资源局审批，批准后由交易中心主持交易双方签订《交易成交确认书》和《转让合同书》。
2、受让方按合同规定缴付地价款和政府有关税费;
3、地价款交齐后，交易中心将交易材料移交市国土资源局，受让方按有关要求办理土地使用权的登记手续，核发土地使用证。
办理公开交易程序土地使用权交易的前期工作
1、申请转让方凭有关权属证明材料到交易中心提出转让申请;
2、对改变用途的或规划条件的，需报市规划部门批准;
3、交易中心初审后，报市国土资源局批准;
4、批准后，交易中心与委托人签订委托合同，并对交易底价、交易条件等进行确定。