根据我国相关条例规定，刑事处罚是收回乡村医生执业证书的情形之一。除此之外还有，死亡或者被宣告失踪的;中止执业活动满2年的;考核不合格，逾期未提出再次考核申请或者经再次考核仍不合格的也是会被收回证书的情形。而且，受刑事处罚，自刑罚执行完毕之日起至申请执业注册之日止不满2年的;还会不予注册。
《乡村医生从业管理条例》
第十八条 乡村医生有下列情形之一的，由原注册的卫生行政主管部门注销执业注册，收回乡村医生执业证书：
(一)死亡或者被宣告失踪的;
(二)受刑事处罚的;
(三)中止执业活动满2年的;
(四)考核不合格，逾期未提出再次考核申请或者经再次考核仍不合格的。
第十四条 乡村医生有下列情形之一的，不予注册：
(一)不具有完全民事行为能力的;
(二)受刑事处罚，自刑罚执行完毕之日起至申请执业注册之日止不满2年的;
(三)受吊销乡村医生执业证书行政处罚，自处罚决定之日起至申请执业注册之日止不满2年的。
1、发放证书的单位不同
执业助理医师资格证书由国家卫生部发放，全国内通用。
乡村医生资格证书是通过所在省或市级单位考试后发放的，只能在当地使用，属于地方性证书。‘
2、有效时间不同
乡村医生执业证书有效期为5年，乡村医生执业证书有效期满需要继续执业的，应当在有效期满前3个月申请再注册。持有乡村医生执业证书的医生至少每2年接受一次培训，参加一次考核。
执业助理医师资格证需要两年一审。