恢复执行后，执行和解协议已经履行部分应当依法扣除。当事人、利害关系人 认为人民法院的扣除行为违反法律规定的，可以依照《民事诉讼法》第225条规定 提出异议。
在执行程序中，双方当事人经平等协商，就变更执行依据所确定的权利义务关系，如生效法律文书确定的标的物及其数额、履行期限和履行方式等自愿达成协议，从而使原执行程序不再进行的制度。执行和解就其性质而言，应当属于民事处分行为，是执行权利人行使处分权的结果，也是《民事诉讼法》规定的权利处分原则在执行程序中的具体体现。
应当说，执行和解制度在司法实践中具有重大意义：首先，有利于申请执行人的权利得以顺利实现，尽管执行和解协议一般是在权利人放弃部分权利、作出某种让步的情况下达成的，但因此而给义务人减轻负担的同时，也促使其积极履行和解协议，因为一旦其不履行或不完全履行义务，权利人可以申请恢复对原生效法律文书的执行，其可以从和解协议中所获利益将不复存在;其次，有利于化解纠纷，缓和矛盾，促进社会和谐稳定。因和解协议取决于双方当事人的自觉执行，而不需要法院采取强制执行措施，有助于减少当事人的抵触情绪，对于改善当事人之间的关系，甚至促进其以后的合作，都有积极作用;第三，有利于人民法院减少执行成本，节约人力、物力、财力，符合诉讼经济原则。
在执行案件中，案件的双方当事人一旦达成了执行和解协议，法院的执行工作实际上就处于一种暂停的状态。待双方当事人根据执行和解协议履行完毕，法院就进行结案处理。对此，实践中没有争议。还有一种情况，就是当事人并没有严格按照执行和解协议确定的履行期限履行，而是在履行期限之后才履行完毕。由于其内容完全按照执行和解协议的内容履行，所以，法院仍以当事人达成执行和解并履行完毕结案。这种情况实践中争议也不大。
当事人达成了执行和解协议，但没有完全按照执行和解协议规定的时间、期限、内容履行，或是根本就不履行。对于这种情况，中国法律及相关的司法解释也作了一些规定。中国民事诉讼法规定，一方当事人不履行和解协议的，法院可以根据对方当事人的申请，恢复对原生效法律文书的执行。依法，是否恢复对原审生效法文书的执行，需全部满足以下条件：一方当事人不履行执行和解协议；根据对方当事人申请；不超过申请执行期限。
如果在执行中，当事人达成执行和解协议后，却没有按照执行和解协议履行，而且在超过执行和解协议确定的履行期限后，申请执行人也没有向法院申请恢复对原生效法律文书的执行，对这种情况如何处理，理论界存在争议。
实践中，造成上述情形有两方面原因：一是当事人在双方达成执行和解协议后，在对方没有履行义务的情况下，怠于行使其申请恢复执行原法律文书的权利，以致造成超过申请执行期限；二是有些当事人错误地理解了申请执行期限。程序法明确规定，执行和解后执行期限的计算方法是以和解协议所定履行期限的最后一日起连续计算。一些当事人错误地认为恢复执行原生效法律文书的执行期限与诉讼时效一致，其计算方式为最后一次实际给付的日期，因而错过了申请执行的期限。对于上述两种情况，法院的执行机构在执行中应严格处于中立地位，对于因当事人自身的原因造成的超过申请执行期限的，不能单独强调要保护权利人一方的权利，而是应严格依照相关的程序法处理。中国民事诉讼法规定，法院认为应当终结执行的其他情形出现时，终结案件执行。所以，对于上述两种没有法定申请执行期限中断事由的情形，法院应按照相应的法律规定终结执行。