上海出入境通行证的办理机构是上海市公安局。
1、《中华人民共和国护照法》(2006年4月29日中华人民共和国第十届全国人民代表大会常务委员会第二十一次会议通过，自2007年1月1日起施行)
第二十四条 公民从事边境贸易、边境旅游服务或者参加边境旅游等情形，可以向公安部委托的县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构申请中华人民共和国出入境通行证。
2、《中华人民共和国普通护照和出入境通行证签发管理办法》(2011年11月23日公安部部长办公会议通过，2011年12月22日发布，自2012年3月1日起施行)
第十六条 公民从事边境贸易、边境旅游服务或者参加经国务院或者国务院主管部门批准的边境旅游线路边境旅游的，可以由本人向边境地区县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构申请出入境通行证，并从公安部规定的口岸出入境。
公民从事边境贸易、边境旅游服务的，可为其签发一年多次出入境有效或者三个月一次出入境有效的出入境通行证;公民参加经国务院或者国务院主管部门批准的边境旅游线路边境旅游的，可为其签发三个月一次出入境有效的出入境通行证。