首先，股权转让款应该由目标公司承担，股权转让是指目标公司股权的转让，资金的支付应当是从受让方的账户上支付到转让方的账户上，并不是支付到目标公司账户上。
第二，现在很多地方的税务局强制要求在办理税务登记变更时提供股权转让款已经支付的转账记录，这一点是没有法律依据的，可以与他们据理力争，如果股权转让协议约定的转让款支付时间未到而无法提供转账记录的，可以告知税务部门，不给办理变更会提起行政诉讼。
第三，如果税务部门或者工商部门要求将转让款支付到目标公司账户上，直接告知他们，请他们提供执法依据，因为这是违法的。只有投资款，或者增资款才是支付到目标公司账户上的。
所谓增资款，就是目标公司注册资本增加，承担增加资本的股东应当将资本注入目标公司设立的验资账户。只有这种情况下，所谓的“股权转让款”才会支付到公司账户。
《公司法》
第七十一条 有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
在股份公司，股票存在一个相对客观而由证券本身确定的价格，在投资学上称作“内在价值”。股票内在价值的计算方法多种多样，较为简洁有效的方法是市盈率法，即股权转让价款按照公司的净利润乘以一定倍数的市盈率计算确定。
理论上讲，不论是按照何种定价方式计算，在同一时点同一股东持有的股权应当是等价的，之所以有不同的定价结果，必然是股权本身价值以外的因素在起作用。在股权转让自由的原则之下，是否允许股权同次转让不同定价，关键看是否会损害相关各方的利益。
首先考虑公司本身，股权转让是股东间的行为，股权价款的高与低对公司自身资产不会产生任何影响，因此不会损害公司的利益;其次考虑其他股东，由于公司法赋予了其他股东对于股权向外部人转让时的否决权以及法定优先购买权，因此也不会损害其他股东的利益。