依据我国相关嫠的规定，授权代理机构申请注册商标的，代理机构违反合同约定的，要承担违约责任，合同有约定的，按合同约定处理，没有约定的，承担赔偿损失、继续履行合同等的责任。
《中华人民共和国合同法》
第一百零七条 【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十三条 【损害赔偿的范围】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。
经营者对消费者提供商品或者服务有欺诈行为的，依照《中华人民共和国消费者权益保护法》的规定承担损害赔偿责任。
第一百一十四条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
两种途径在商标注册申请审查方面并无差别。其主要区别是发生联系的方式不同、提交的书件和文件递交方式稍有差别。
1、在发生联系的方式方面
直接到商标局办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系;委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。
2、在提交的书件方面
直接到商标局办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交经办人本人的身份证复印件;委托商标代理机构办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的代理委托书。
3、在文件递交方式方面
申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标注册大厅受理窗口;商标代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交商标注册申请。
4、在文件送达方式方面
申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人;委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。