依据我国相关法律的规定，法院将行政协议案件移送后，受移送的法院认为案件不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。
《中华人民共和国行政诉讼法》
第二十二条 人民法院发现受理的案件不属于本院管辖的，应当移送有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件按照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。
(一)人民法院已经受理案件。若尚未受理的案件，经审查不归本法院管辖的，不存在移送管辖问题，应告知当事人向有管辖权的人民法院起诉。
(二)受理案件的人民法院对该案无管辖权。依法享有管辖权的人民法院才有权行使审判权，因此无管辖权的人民法院无权审理案件。
(三)接受移送案件的人民法院依法享有管辖权。这是对移送案件法院的要求，即不得随意移送，只能向有管辖权的人民法院移送。
在具备上述三个条件的同时，还必须正确理解本条所规定的“不得再自行移送”的含义，才能正确认识和适用移送管辖。所谓不得再自行移送，是指移送案件的人民法院所作出的移送案件裁定，对接受移送案件的人民法院具有约束力。即受移送案件的法院必须受理，不得以任何理由再自行移送。如受移送案件的人民法院认为该院依法确无管辖权时，应报请上级人民法院指定管辖。这样规定，既可以避免法院之间相互推诿或者争夺管辖权，又可以防止拖延诉讼，及时保护当事人合法权益。根据《意见》的规定，案件受理后，受诉人民法院的管辖权不受当事人住所地、经常居住地变更的影响。有管辖权的人民法院受理案件后，不得以行政区域变更为由，将案件移送给变更后有管辖权的人民法院。判决后的上诉案件和依审判监督程序提审的案件，由原审人民法院的上级人民法院进行审判;第二审人民法院发回重审或者上级人民法院指令再审的案件，由原审人民法院重审或者再审。实践中，无管辖权的人民法院已经对案件进行了实体审理，而当事人又未提出管辖权异议的，可视为当事人放弃了异议权，也可不必移送管辖，由受理案件的法院继续审理。