住院医疗费用在医保卡跨年可以报销,医保卡报销时限是三个月。一般在年末，各地方管理中心均会出台相应解决方案，大致有以下几种情况：
1、医院一般在年末中途为患者结算、报销一次，然后再同病种连续住院，这样下年度第二次再报销不再扣除起付线;这样做是因为下年度，医保卡报销的药品、诊疗项目或者一次性材料可能发生变化，能最大限度使用下年度政策进行报销。
2、如果年前出院没有报销，下年度报销上年度的病例;需要看医保管理中心的相关政策了，一般报销方式是按往年的政策进行补偿，如果往年个人补偿达到封顶线将不能报销。
医疗保险设定每年4月1日至次年3月31日为一个“医保结算年度”。城镇居民医疗保险设定每年1月1日至当年12月31日。大学生医疗保险设定每年9月1日至次年8月31日。
跨年的以实际出院时的结算年度为准。