依据我国相关法律的规定，发生劳动争议后，是不能同时申请劳动仲裁和劳动监察投诉的，劳动监察部门发现案件已经申请劳动仲裁的，要告知当事人按劳动仲裁程序处理。
《劳动保障监察条例》
第二十一条 用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章，对劳动者造成损害的，依法承担赔偿责任。劳动者与用人单位就赔偿发生争议的，依照国家有关劳动争议处理的规定处理。
对应当通过劳动争议处理程序解决的事项或者已经按照劳动争议处理程序申请调解、仲裁或者已经提起诉讼的事项，劳动保障行政部门应当告知投诉人依照劳动争议处理或者诉讼的程序办理。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.
员工违纪的处理方式与程序：
1、行政处分：警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除;
2、辞退(解除劳动合同)：即时辞退(因严重违纪而辞退)、预告辞退;
3、除名：是只适用于劳动者无故连续旷工15天或一年内累计旷工30天而作的行政处理;
4、承担经济责任：扣工资不超过20%.
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。