依据我国相关法律的规定，我国目前法律对农村建集装箱房是否合法没有作出规定，但如果是在合法取得的宅基地上建的，一般是合法的。
《中华人民共和国土地管理法》
第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。
国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
我国合同法第十六章专门对建设工程施工合同纠纷作了相关规定，最高人民法院也出台了关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的司法解释，对建设工程施工做出了更详细的规定，因此，将农村建房合同纠纷的案由确定为建设工程施工合同还是承揽合同，适用的是不同的法律规定，案件的处理结果也会截然不同。
如果将案由定性为建设工程施工合同，根据司法解释的规定，施工人必须具备相关资质，而农村建房的施工人基本上是个体的泥工、瓦工等自行招募组织起来的个体施工队，不可能具备任何资质，因此，定性为建设工程施工合同的农村建房合同应为无效合同。如果将案由定性为承揽合同，根据合同法的规定，承揽人无需具备特别的资质，只要合同内容不违法，则定性为承揽合同的农村建房合同为有效合同。
程量就无法按约计算，如果工程已经完工，且合同双方对工程量无异议，工程量就按双方合意的数字计算。如果工程未完工，或是双方对工程量有异议，只能申请相关的鉴定机关进行鉴定。将案由定性为承揽合同，因为合同是有效的，所以工程量的计算严格按合同约定履行。