交叉管辖与并案管辖主要是概念上的区别。
1、交叉管辖：
移送及主侦查：公安机关与检察院交叉的案件：先将对方管辖的案件移送给对方。然后根据主罪予以分工。主罪的侦查机关为主侦查机关。
侦查机关与法院交叉管辖的处理：公安检察院在侦查中发现属于告诉才处理的犯罪，可以告知被害人向人民法院直接提起诉讼;属于人民法院可以受理的其他类型自诉案件的，可以立案进行侦查，然后在人民检察院提起公诉时，随同公诉案件移送人民法院，由人民法院合并审理。
法院审理自诉案件时发现漏罪：：法院审理自诉案件中发现检察院未起诉的刑事案件，法院应将新发现的罪行另案移送有管辖权的公安机关或者检察院处理。
法院审理公诉案件时发现漏罪：法院审理公诉案件中发现检察院未起诉的刑事案件，审判期间，法院发现新的事实，可能影响定罪的，可以建议检察院补充或者变更起诉。
2、并案管辖：
对于下列情形，法院、检察院、公安机关可以在其职责范围内并案处理：一人犯数罪的、共同犯罪的、共同犯罪的犯罪嫌疑人、被告人还实施其他犯罪的、多个犯罪嫌疑人、被告人实施的犯罪存在关联，并案处理有利于查明案件事实的。