依据我国相关法律的规定，以拆除违法建筑的方式对厂房进行拆迁的，被拆迁人对拆迁行为不服的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十四条 被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
第二十六条 房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
1、重置成本法
重置成本法最常见的评估方式，也就是所谓企业的地上建筑物、厂房进行重置。选择一个评估时间点，假如要求五月一日起进行实地征收，由这个实际的评估时间点所得出的重置价值。例如，土建的价值+人工的价值+相关税费的价值=所得重置价值，再扣除相应的折损率(70%或80%等)。
成本法在以前运用相当广泛，土地价值，房屋价值都可以运用成本法进行评估，但现在590号令以及建设部的房屋征收评估办法都要求按照市场比较法。
2、收益法
收益法主要评估一些在实践当中进行实际生产经营的商业性质的主体，一些劳动附加值比较大、劳动性密集的行业、专利技术性行业可带来的劳动收益成几何倍增长的行业，原则上对其行业企业应按照收益法进行实际评估。
3、市场比较法
需要注意的是，参照类似的房地产市场价值，意思就是要根据同区位、同地段、同性质(国有、集体)、同用途(商业、工业、住宅)，商品房包括住宅和商业用途。在实践的过程中需要注意的是属于什么用地，要参考附地范围之内相同性质的用地价值，主要是参照类似房地产市场的价值。
4、假设开发法
假设开发法在实践中运用不多，例如我所律师在贵州云岩区遇到的案例，开发商反过来作为被拆迁人与政府交流，必然运用到假设开发法来进行实际评估，开发商需要土地利用实际开发，土地开发后目的可能作为商业、住宅也有可能是厂房，需要运用土地开发满足开发的主体要件。
5、基准地价修正法
基准地价修正法主要是评估土地在进行实际区位确定的时候使用的一种评估方法。按照土地的位置确定修正的系数以及修正出来最后的价值，在实践当中应用不是很广泛。