依据我国相关法律的规定，工会的会费从员工工资中扣除是不合法的，员工的工资只能扣除社会保险或者税费，不能扣除工会的会费。
《工资支付暂行规定》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
《中华人民共和国工会法》
第四十二条 工会经费的来源：
(一)工会会员缴纳的会费;
(二)建立工会组织的企业、事业单位、机关按每月全部职工工资总额的百分之二向工会拨缴的经费;
(三)工会所属的企业、事业单位上缴的收入;
(四)人民政府的补助;
(五)其他收入。
前款第二项规定的企业、事业单位拨缴的经费在税前列支。
工会经费主要用于为职工服务和工会活动。经费使用的具体办法由中华全国总工会制定。
(一)维护职能
《中华人民共和国工会法》明确：维护职工的合法权益是工会的基本职责。工会在维护全国人民总体利益的同时，代表和维护职工的合法权益和民主权利。这是我国工会最重要最基本的职能，是工会所以存在的基础。
(二)建设职能
工会的建设职能，是动员和组织广大职工群众积极参加改革和建设，努力完成经济和社会发展任务.这是社会主义条件下，我国工会具有的一项社会职能。
(三)参与职能
工会的参与职能，是工会代表和组织职工参与国家和社会事务管理，参与企业、事业和机关的民主管理。这是由于广大职工在国家政治、经济、文化和社会生活中处于主要地位，并在企业、事业、机关中享有民主权利，工会作为广大会员和职工利益的代表而确定的一项社会职能。
(四)教育职能
工会的教育职能，是教育职工不断提高思想道德素质和科学文化素质，建设有理想、有道德、有文化、有纪律的职工队伍。这是由工人阶级历史使命与工人阶级成员自身素质的需要确定的。