依据我国相关法律的规定，对棚户区进行拆迁改造时，如果拆迁的是冷库的，对冷库的补偿一般是依据评估价值进行补偿的。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十九条 对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
根据《国务院关于加快棚户区改造工作的意见》(国发〔2013〕25号)精神，财政部 国家税务总局发布《财政部 国家税务总局关于企业参与政府统一组织的棚户区改造有关企业所得税政策问题的通知》财税〔2013〕65号规定：企业参与政府统一组织的工矿(含中央下放煤矿)棚户区改造、林区棚户区改造、垦区危房改造并同时符合一定条件的棚户区改造支出，准予在企业所得税前扣除。
所称同时符合一定条件的棚户区改造支出，是指同时满足以下条件的棚户区改造支出：
(一)棚户区位于远离城镇、交通不便，市政公用、教育医疗等社会公共服务缺乏城镇依托的独立矿区、林区或垦区;
(二)该独立矿区、林区或垦区不具备商业性房地产开发条件;
(三)棚户区市政排水、给水、供电、供暖、供气、垃圾处理、绿化、消防等市政服务或公共配套设施不齐全;
(四)棚户区房屋集中连片户数不低于50户，其中，实际在该棚户区居住且在本地区无其他住房的职工(含离退休职工)户数占总户数的比例不低于75%;
(五)棚户区房屋按照《房屋完损等级评定标准》和《危险房屋鉴定标准》评定属于危险房屋、严重损坏房屋的套内面积不低于该片棚户区建筑面积的25%;
(六)棚户区改造已纳入地方政府保障性安居工程建设规划和年度计划，并由地方政府牵头按照保障性住房标准组织实施;异地建设的，原棚户区土地由地方政府统一规划使用或者按规定实行土地复垦、生态恢复。
在企业所得税年度纳税申报时，企业应向主管税务机关提供其棚户区改造支出同时符合上述规定条件的书面说明材料。