已清算完毕的公司可以向工商机关申请注销登记。
1、《中华人民共和国公司法》
第一百七十九条 公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记;公司解散的，应当依法办理公司注销登记;
第一百八十八条 公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
第三十八条第一款 因合并、分立而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记;因合并、分立而解散的公司，应当申请注销登记;因合并、分立而新设立的公司，应当申请设立登记。
第四十二条 有下列情形之一的，公司清算组应当自公司清算结束之日起30日内向原公司登记机关申请注销登记。
2、《企业法人登记管理条例》
第十七条 企业法人改变名称、住所、经营场所、法定代表人、经济性质、经营范围、经营方式、注册资金、经营期限，以及增设或者撤销分支机构，应当申请办理变更登记。 第十九条 企业法人分立、合并、迁移，应当在主管部门或者审批机关批准后30日内，向登记主管机关申请办理变更登记、开业登记或者注销登记。第二十条 企业法人歇业、被撤销、宣告破产或者因其他原因终止营业，应当向登记主管机关办理注销登记。