网上办理流程
（1）申请人通过网上办公大厅，提出申请，提交材料。
（2）办理人员对提交的材料进行审查，符合条件的，给予受理。
（3）委托当地畜牧兽医站进行现场勘察。
（4）由县畜牧兽医局领导审批。
（5）县畜牧兽医局窗口发证。
窗口办理流程
（1）申请单位（个人）到县行政服务中心畜牧兽医局窗口提出申请，填写一式二份《动物防疫条件合格证》申请表。
（2）提交材料。
（3）办理人员对提交的材料进行审查，符合条件的，给予受理。
（4）委托当地畜牧兽医站进行现场勘察。
（5）由县畜牧兽医局领导审批。
（6）窗口发证。
特殊环节
中华人民共和国动物防疫法2015(2015年)
第二十条 兴办动物饲养场（养殖小区）和隔离场所，动物屠宰加工场所，以及动物和动物产品无害化处理场所，应当向县级以上地方人民政府兽医主管部门提出申请，并附具相关材料。受理申请的兽医主管部门应当依照本法和《中华人民共和国行政许可法》的规定进行审查。经审查合格的，发给动物防疫条件合格证；不合格的，应当通知申请人并说明理由
《动物防疫条件审查办法》（2010年农业部令第7号）(2010年)
第二十九条 兴办动物隔离场所、动物和动物产品无害化处理场所的，县级地方人民政府兽医主管部门应当自收到申请之日起5个工作日内完成材料初审，并将初审意见和有关材料报省、自治区、直辖市人民政府兽医主管部门。省、自治区、直辖市人民政府兽医主管部门自收到初审意见和有关材料之日起15个工作日内完成材料和现场审查，审查合格的，颁发《动物防疫条件合格证》；审查不合格的，应当书面通知申请人，并说明理由
来源：广东省网上办事大厅(http://www.gdbs.gov.cn/)