根据本条及本法第211条规定，对偷税罪的刑罚适用原则大体包括以下四个方面：
1、分层次处罚
针对偷悦数额的不同，本条分别规定了两个层次的量刑幅度。第一层次是“纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额10%以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。”;第二层次是“数额巨大并且占应纳税额30%以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。”(根据刑法修正案(七)修订)\\不同层次的偷税数额只能在本层次量刑幅度内判处，不能任意跨越，否则将造成量刑畸轻或畸重的后果。
2、对自然人偷税并处罚金
针对偷税犯罪行为的贪利性特征，本条对自然人犯罪主体在各层次量刑幅度内，除规定判处有期徒刑或者拘役的自由刑外，一律规定了“并处偷税数额五倍以下的罚金”。其立法精神是，主刑和附加刑必须同时判处，不具有选择性，以防止偷税人在经济上占便宜。
3、对单位犯偷税罪采取双罚制
即对单位判处罚金，并同时对单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本条的规定处罚。在司法实践中，对单位判处罚金后，--般对单位的责任人员只判处自由刑，而不再并处罚金，这种作法是否符合立法精神，尚有待进一步讨论。
4、对多次偷税的违法行为累计数额合并处罚
本条第3款对此作了明确规定。按照刑法理论，行为人在一定时期内多次实施偷税违法犯罪行为未经发现，或虽发现但未经处罚的，均应视为犯罪行为的连续状态，其犯罪数额应当累计计算，按一罪合并处罚，不适用数罪并罚。反之，如行为人多次或某一次偷税违法行为已经过税务或司法机关处罚，则不应再将此数额累计计算合并处罚。