1、政府财政对医院补助严重不足。自医改以来，由于政府部门对社会主义市场经济条件下卫生事业的公益性质和社会保障作用认识不足、投入不足、监管不力，导致医院的消耗得不到及时和足够的补偿。从某市近三年对卫生行业的投入与实际支出的比例看(2004年为13.5%、2005年14.48%、2006年14.5%)，两者差距较大，公共医疗卫生机构的公益性质淡化，医疗机构的支出和运行费用主要靠医疗服务收费解决，导致患者所需承担的医疗费用过高、负担过重，患者因病致贫、因病返贫的现象还比较明显。
2、医疗保障制度不健全。多年来，因政府忽视了基本卫生保健制度建设，没有及时为城乡居民办理医疗保险，群众的公共卫生服务和基本医疗服务需求缺乏制度保障，从而导致公立医疗机构运行机制不合理，人员经费、运行经费和发展资金基本上依靠医疗服务收费。另外，我国现行的医疗保障水平不高，医疗救助政策不完善等等，这些都加重了患者负担，一旦治疗效果不佳必然造成医患之间纠纷。据卫生部2003年组织开展的第三次国家卫生服务调查显示：群众有病时，有48.9%的人应就诊而不去就诊，29.6%的人应住院而不住院，群众看不起病的现象还比较严重。
缺乏科学的认识性。患者及其亲属对医疗行为的成功与否缺乏科学的认识。医学是门自然科学，也是一门实验性学科。当前，医学方面尚存许多未知领域，人体密码尚有许多方面没有被完全破译。况且，人体也存在个体差异和药物不良反应等难以预知的客观因素。因此，有些药物即使正常使用，并在严密的医学观察下，也会出现不可抗拒的医疗意外。但患者很难理解医疗行为的高科技、高风险以及医学领域尚存的诸多未知和变数。当患者对医务人员所采取的医疗行为不理解甚至怀疑时，就可能造成患方对医务人员的不满意，甚至怀疑其不负责任，一旦医疗效果不尽如人意，就会导致纠纷的发生。
1、医疗机构管理需进一步加强。对医疗纠纷深入分析，可发现医院在管理过程中也存在一些问题和漏洞。如从某市一所综合型大医院2003年至2005年所发生的10余起医疗纠纷看，部分院方是有一定过错的。它反映出在当前医疗体制下，医院为了生存和发展，过分追求经济收益。有的医生可能从经济角度，过度采用诊疗措施，使医疗费用提高;也有的医院缺乏更为有效的质量保证体系，对各项制度的执行监控不严，医疗流程、科室布局还不够科学合理，影响了医院服务质量。另外对医务人员的医疗风险和医疗安全等继续教育落实不够，少数医务人员缺乏依法行医的意识，这些在诊疗过程中都会对患者造成这样或那样的身心伤害。
2、医务人员的综合素质有待进一步提高。分析医疗纠纷产生的原因，发现有的是医务人员自身存在的问题。其主要表现在：少数医务人员素质不高，临床经验不足，在利益驱动下，看病收“红包”，对医患双方的权利义务认识不清，忽视患者的合法权益，不严格遵守诊疗和操作常规及规范，服务意识差，对患者和家属态度冷漠、言语简单生硬等，这些都会对患者心理产生不良刺激。以上种种问题，可以影响到医疗过程的各个方面，可能导致误诊误治、漏诊漏治等重大医疗差错，给患者身心带来严重损害，医疗纠纷的发生也就在所难免。