杭州补领机动车行驶证办理程序如下：
1、业务受理;
2、缴费;
3、领取机动车行驶证。
《机动车登记规定》(公安部令第124号)
第四十三条 机动车登记证书灭失、丢失或者损毁的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请补领、换领。
第四十四条 机动车号牌、行驶证灭失、丢失或者损毁的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请补领、换领。