依据我国相关法律的规定，国家密码管理局主管全国的商用密码产品使用管理工作。省、自治区、直辖市密码管理机构依据本规定承担有关管理工作。
《商用密码产品使用管理规定》
第四条
国家密码管理局主管全国的商用密码产品使用管理工作。省、自治区、直辖市密码管理机构依据本规定承担有关管理工作。
第五条
中国公民、法人和其他组织需要对不涉及国家秘密内容的信息进行加密保护或安全认证的，均可以使用商用密码产品。使用商用密码产品，应当遵守国家法律，不得损害国家利益、社会公共利益和其他公民的合法权益，不得利用商用密码产品进行违法犯罪活动。
1、风险问题
在电子支付流程中，资金都会在第三方支付服务商处滞留即出现所谓的资金沉淀，如缺乏有效的流动性管理，则可能存在资金安全和支付的风险。同时，第三方支付机构开立支付结算账户，先代收买家的款项，然后付款给卖家，这实际已突破了现有的诸多特许经营的限制，它们可能为非法转移资金和套现提供便利，因此形成潜在的金融风险。
2、电子支付经营资格的认知、保护和发展问题
第三方支付结算属于支付清算组织提供的非银行类金融业务，银行将以牌照的形式提高门槛。因此。对于那些从事金融业务的第三方**公司来说，面临的挑战不仅仅是如何赢利，更重要的是能否拿到将要发出的第三方支付业务牌照。
3、业务革新问题
因为支付服务客观上提供了金融业务扩展和金融增值服务，其业务范围必须要明确并且要大胆推行革新。到为止，全球拥有手机的人多于拥有电脑的人，相对于单纯的网上支付，移动支付领域将有更大的作为。所以第三方支付能否趁此机遇改进自己的业务模式，将决定第三方支付最终能否走出困境，获得发展。
4、恶性竞争问题
电子支付行业存在损害支付服务甚至给电子商务行业发展带来负面冲击的恶意竞争的问题。国内的专业电子**公司已经超过40家，而且多数**公司与银行之间采用纯技术网关接入服务，这种支付网关模式容易造成市场严重同质化，也挑起了**公司之间激烈的价格战。由此直接导致了这一行业“利润削减快过市场增长”，在中国，惯用的价格营销策略让电子支付行业吞下了利润被摊薄的苦果。