申请换发《医疗器械经营企业许可证》，应在有效期届满前40个工作日至6个月向经营所在地食品药品监管分局申请并提交以下相关资料：
(1)《上海市医疗器械经营企业换证申请审查表》;
(2)《医疗器械经营企业换证申请材料登记表》;
(3)《医疗器械经营企业许可证》副本复印件;
(4)加盖企业印章的《营业执照》副本复印件;
(5)企业质量管理负责人的身份证、学历或者职称证明复印件及个人简历;
(6)企业质量管理人员学历或者职称证明复印件;
(7)企业医疗器械经营质量管理制度目录。
受理分局应当按照《医疗器械经营企业许可证管理办法》第十二条第二项的规定作出处理决定。
区(县)食品药品监管分局自收到企业完整换证申请材料之日起的20个工作日内，对申报资料进行审查。
符合条件的，作出准予延续行政许可的决定。
需要实施现场检查的，应当书面通知申请人，并应当在现场检查后的10个工作日内作出是否准予延续行政许可的决定。
准予延续行政许可的，作出准予延续行政许可的决定。
不予延续行政许可的，应当限期进行整改。整改后符合条件的，作出准予延续行政许可的决定;整改后仍不符合条件的，作出不予换证的书面决定，并说明理由，同时告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
2、对不予换证或有效期届满未申请换证的，应当注销原《医疗器械经营企业许可证》，书面告知申请人并说明理由，同时告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
3、到期换证，并同时申请变更企业名称、法定代表人、企业负责人、注册地址、经营范围的，应按照许可或登记事项变更的相关要求申请。
1、颁发部门不同：根据法律规定，营业执照是法律主体进行市场交易主体资格的法定证明，营业执照由工商局颁发，每年年检;经营许可证，是法律规定的某些行业必须经过许可，而由主管部门颁发的许可经营的证明，如药品经营许可证等。
2、两者办理范围不同：营业执照是工商企业或个体经营者都需要办理的证件，没有这个证件，就是无照经营行为，是违法的;经营许可证是做某种方面的生意所必须取得的证件， 这个证件必须在办理营业执照之前取得， 也就是所谓的前置许可审批文件， 例如卖烟的话，需要在办营业执照之前取得《烟草零售经营许可证》。