一般是在上海市各个区县的食品药品监督管理局办理。
1、《食品经营许可证》补证申请书;
2、食品经营许可证遗失的，申请人应当提交县级以上食品经营许可管理机关网站或者县级以上主要媒体上刊登遗失公告的材料;
3、食品经营许可证损坏的，应当提交损坏的食品经营许可证原件;
4、申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证复印件(双面复印、核对原件)。以上材料应用A4纸打印并加盖企业公章;提供复印件的应加盖企业公章，个体工商户由负责人签字。
网上办理流程
(1)申请。申请人登录上办事大厅(http://www.yjbs.gov.cn/)提出申请，并上传电子材料提交确认;需同时提供纸质材料的，根据提示到窗口提交或邮寄纸质材料。
(2)受理。部门收到网上申请后，窗口工作人员对电子材料进行审核，符合申请资格，并材料齐全、符合规定格式的5个工作日内在网上出具电子《受理通知书》;不符合受理条件的，5个工作日内在网上出具《申请材料补正告知书》或《不予受理通知书》;需要到窗口提交纸质材料才正式受理的，收到纸质材料并与网上材料核对无误后，出具《受理通知书》。
(3)审查。在承诺时限内审查并作出决定，予以通过的出具《准予许可决定书》并印制证书，不予通过的出具《不予许可决定书》。
(4)领取结果。申请人根据短信提示在网上个人中心查阅审批情况，到窗口领取审批结果。
窗口办理流程
(1)申请。申请人向政务服务大厅综合服务窗口提出申请，提交申请材料。
(2)受理。窗口工作人员当场核验申请材料，根据下列情况分别作出处理：
1)申请事项依法不需要取得食品经营许可的，即时告知申请人不受理;
2)申请事项依法不属于食品药品监督管理部门职权范围的，即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请;
3)申请材料不符合要求但可以当场更正的，退回当场更正后予以受理，出具《受理通知书》;
4)申请材料不齐全或者不符合法定形式的，当场或者在5个工作日内一次性告知申请人需要补正的全部内容。当场告知的，将申请材料退回申请人;在5个工作日内告知的，当场收取申请材料出具收到申请材料的凭据，5个工作日内出具《申请材料补正告知书》、《受理通知书》或《不予受理通知书》，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理;
5)申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交全部补正材料的，应当受理，并出具《受理通知书》;决定不予受理的，出具《不予受理通知书》，说明不予受理的理由，并告知申请人依法享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
(3)审查。在承诺时限内审查并作出决定，予以通过的出具《准予许可决定书》并印制证书;不予通过的出具《不予许可决定书》，并说明不予许可的理由。
(4)领取结果。窗口工作人员通知申请人到窗口领取审批结果，本事项办结。