依据我国相关法律的规定，如果劳动合同中有约定在工资中扣除住宿伙食费用的，用人单位在工资中扣除的行为是合法的。
《中华人民共和国工资支付暂行条例》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
1、劳动者可以向用人单位内部设立的劳动争议调节委员会申请调解;
2、调解不成或者不经调解，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;
3、对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼(向劳动争议仲裁委员会申请仲裁是向法院提起诉讼的必经程序)。
根据《劳动法》第91条或者《劳动合同法》第85条及《违反行政处罚办法》第6条的规定，对用人单位有克扣、拖欠劳动者工资、低于最低工资标准支付劳动报酬、安排加班不支付加班费的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。