依据我国相关法律的规定，员工深夜下班遭受不测的，如果不是交通事故造成的公司一般不承担责任，由致害人承担责任。
《中华人民共和国工伤保险条例》
第十四条 职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：
(一)在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的;
(二)工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的;
(三)在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的;
(四)患职业病的;
(五)因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的;
(六)在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的;
(七)法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。
(一)书证：书证是依据文字、符号、图形等书面表现的内容来记录事实的证据材料。
在有关加班费争议中，常常以考勤卡、工资表、电子考勤记录表等形式出现。但这些东西一般均由用人单位记录和保管。所以，当劳动者有机会拿到上述资料时应尽量复印一份保留，如果能保留原件就更好。
(二)视听资料：现在的工业园或企业很多都装了闭路监控设施，这些设施的录像也可以证明相关企业员工的工作时间。
但这些录像可不是一个普通的劳动者能够获取的。劳动者可以向办案机关申请调查取证。另外，劳动者还有一种主动获取的方式，就是自己主动录制视听资料。这样做当然有点难度。但谁叫最高院的把举证责任叫到劳动者身上呢?
(三)证人证言：知道案件相关情况的人所作的言辞陈述就是证人证言。
在劳动争议中，几乎没有还在用人单位工作的员工会站出来为正在与用人单位打官司的员工作证的。但不妨碍寻找已经离职并知道相关情况的前员工来作证，或者与用人单位打官司的员工之间互相作证。虽然对方会以存在利害冲突否认证据的有效性，但只要是符合客观事实的证据就应该大胆向办案机关提出，有总不比没有好。
(四)当事人陈述：当事人对案件事实所作的陈述也是证据的一种。
你别指望用人单位在加班时间上跟你做同样的陈述。所以，就需要劳动者或其代理人作出符合客观事实的合情合理详细的陈述，再辅以其它的证据材料，达到维护自己合法权益的目的。劳动者可以从上述四个方面搜集和提供加班时间的证据。对于遇到不能提供的情况，要充分利用最新解释中关于劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果的规定，积极提供线索，将举证责任转由用人单位承担。