依据我国相关法律的规定，行政协议无效的，当事人因行政协议取得的财产，人民法院应当判决予以返还;不能返还的，判决折价补偿。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2020年1月1日起施行）
第十五条?行政协议无效、被撤销或者确定不发生效力后，当事人因行政协议取得的财产，人民法院应当判决予以返还;不能返还的，判决折价补偿。
因被告的原因导致行政协议被确认无效或者被撤销，可以同时判决责令被告采取补救措施;给原告造成损失的，人民法院应当判决被告予以赔偿。
1、证据的证明标准不明确。《行政复议法》关于证明标准的唯一规定是“证据确凿”，这种规定过于原则，缺乏可操作性，在审查行政复议案件过程中难以把握。
2、举证责任分担不明确，《行政复议法》只要求行政机关对当初作出具体行政行为的证据负有举证责任，而对申请人、第三人是否承担举证责任以及可否因此承担举证不能的法律后果没有予以明确。
3、对证据的审查判断没有统一的责任机制。对于发生证据冲突时如何审查判断证据，合理排除证据之间冲突等问题，没有统一的责任机制可供适用。由于责任机制的缺失，只由案件承办人凭借主观认识来决定证据的 取舍，难以保证认定事实的正确，出现问题后也没有类似于司法机关的错案追究制度追究有关人员的责任，行政复议案件办理质量难以得到保证。