日本留学护照、在留资格认定书和签证的区别与联系如下：
1、护照是公民在国外的身份证件，这个是全世界通用的。也是贴签证的载体;
2、在留资格认定证明书，相当于居留许可，要在申请签证前事先取得。在日本超过3个月滞留所必须要申请的(部分公派留学除外)，只有在留资格申请被许可，才有资格在日本长期滞留;
3、签证只是出入境的证明，单次的或者多次的。留学签证只是指以留学生的身份入境，单次的，入境后自动失效，在留资格和在留期间生效，也就是说，签证在入境后就没用了。留学签证申请条件就是【在留资格认定证明书】的取得。
护照是在国外的身份证件，签证是入境许可、在留资格是居留许可。