公司员工贪污公款5000元就会被刑事拘留。个人贪污数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役;情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。
《中华人民共和国刑法》
第三百八十二条 国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。 与前两款所列人员勾结，伙同贪污的，以共犯论处。
第三百八十三条 对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
(一)个人贪污数额在十万元以上的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，可以并处没收财产;情节特别严重的，处死刑，并处没收财产。
(二)个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，处一年以上七年以下有期徒刑;情节严重的，处七年以上十年以下有期徒刑。个人贪污数额在五千元以上不满一万元，犯罪后有悔改表现、积极退赃的，可以减轻处罚或者免予刑事处罚，由其所在单位或者上级主管机关给予行政处分。
(三)个人贪污数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役;情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。