依据我国相关法律的规定，建设工程合同约定仲裁条款是有效的，约定仲裁条款是属于解决争议的方法的内容，出现纠纷是可能申请仲裁。
《中华人民共和国合同法》
第十二条 【合同内容】合同的内容由当事人约定，一般包括以下条款：
(一)当事人的名称或者姓名和住所;
(二)标的;
(三)数量;
(四)质量;
(五)价款或者报酬;
(六)履行期限、地点和方式;
(七)违约责任;
(八)解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《中华人民共和国仲裁法》
第十六条 仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。
仲裁协议应当具有下列内容:
(一)请求仲裁的意思表示;
(二)仲裁事项;
(三)选定的仲裁委员会。
1、申请和受理
(1)申请，是指一方当事人根据合同仲裁条款或事后达成的仲裁协议，将发生的争议依法请求仲裁委员会进行仲裁的行为。提起仲裁申请是当事人为获得仲裁、解决纠纷的一种请求，是保护自身合法权益的一种手段，也是仲裁机构行使仲裁权的前提。只有当事人提起仲裁申请，仲裁委员会才能受理案件。
(2)受理，是指仲裁机构对当事人的申请进行审查后，认为符合受理条件，决定立案进行仲裁的程序。受理是仲裁程序的开始，是仲裁机构开始行使管辖权的标志。
2、仲裁庭的组成。
仲裁机构仲裁案件，不是仲裁委员会直接仲裁，而是通过一定的组织实现的，这个组织称为仲裁庭。根据仲裁法的规定，仲裁庭组成有两种组织形式：(1)独任仲裁庭，即由一名仲裁员组成的仲裁庭。(2)合议仲裁庭，即由三名仲裁员组成的仲裁庭。仲裁庭的组织形式由当事人约定，仲裁员由当事人选定或委托仲裁委员会主任指定。
3、开庭和裁决。
(1)开庭是仲裁庭在双方当事人和其他仲裁参与人参加下，对仲裁请求进行实体审理和裁决的活动。开庭是仲裁活动的实质阶段。其目的是查清事实、分清是非、正确适用法律、确认当事人之间的权利义务关系。
(2)裁决是指仲裁庭在实体上对当事人权利义务作出裁断。裁决是仲裁审理的最终程序，一经作出即发生法律效力。