一、免登记使用港澳地区口岸自助查验通道，系指由公安机关出入境管理部门将持证人的指纹模板信息同时写入其电子往来港澳通行证内置芯片中的香港、澳门主管部门专属应用区域(该信息不能还原出指纹图像)，持证人入出香港、澳门时，香港入境事务处、澳门治安警察局通过读取证件内的指纹模板信息为其提供自助通关服务。持证人可免于向香港、澳门地区主管部门登记采集指纹，港澳相关单位承诺不存储其指纹模板信息、不用作口岸出入境查验之外的其他用途。
二、免登记使用港澳地区口岸自助查验通道的条件和方式由港澳地区主管部门确定。
根据香港入境处的规定，16周岁以下人员不能使用香港自助查验通道。16周岁(含)以上、持用新申领的电子往来港澳通行证首次入境香港的，须经由传统柜位办理入境手续，经人工检查获准入境，方可在该次入境后使用香港自助查验通道。上述安排暂不适用于持逗留签注赴港暂住人士(其中，以学生身份或经补充劳工计划赴港的只可经传统柜位办理出入境手续;以受养人、受训人员身份，或经输入内地人才计划、优秀人才入境计划及非本地毕业生留港/回港就业安排获准在港暂住人士首次入境时必须使用传统柜位，此后可凭香港使用自助查验通道)。
根据澳门治安警察局的规定，11周岁以下人员不能使用澳门自助查验通道。