民事责任 如90条规定：违反本法规定，侵害农民和农业生产经营组织的土地承包经营权等财产权或者其他合法权益的，应当停止侵害，恢复原状；造成损失、损害的，依法承担赔偿责任。
行政责任：如94条：有下列行为之一的，由上级主管机关责令停止违法行为，并给予直接负责的主管人员和其他直接责任人员行政处分，责令退还违法收取的集资款、税款或者费用
刑事责任：如114条 县级以上人民政府农业行政主管部门的工作人员违反本法规定参与和从事农业生产经营活动的，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
一、农民专业合作社及其成员的合法权益包括哪些方面？
注册申办农村合根据《农民专业合作社法>第六条规定，国家保护农民专业合作社及其成员的合法权益，任何单位和个人不得侵犯。此处所指的农民专业合作社的合法权益主要包含如下内容：
1.财产权利 《农民专业合作社法》第四条第二款规定，合作社对成员出资、公积金、国家财政补助形成的和社会捐赠形成的财产，享有占有、使用和处分的权利。这一规定旨在明确合作社对上述财产享有独立支配的权利。本条第二款同时规定，农民专业合作社以上述财产对债务承担责任，这是合作社行使财产处分权利的重要形式。同时，合作灶作为独立的法人，依法享有登记财产、申请注册商标和专列的权利。
2.依法享有申请登记字号的权利 依法享有申请登记字号的权利，并以自己的名义从葬生产经营活动，其字号受到相关法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
3.生产经营自主权 农民专业合作社作为独立的市场主体，在其成立之后享有生产经营自主权，其生产经营和服务的内容不受任何其他单位或者市场主体的干预。
4.通过诉讼和仲裁的途径保护自身权利 农民专业合作社作为法律认可的民事主体，在日常经营活动中，如其合法权益受到侵犯，可以依法通过诉讼和仲裁的方式维护自身的合法权益。
5.依法享受国家扶持政策的权利 符合国家规定的农民专业合作社可以按照规定享受国家支持农民专业合作社的各项政策。
注册申办农村合作社流程如下： 申办农民专业合作社，共涉及工商、公安、税务、质监、银行 农业等多个部门
1、工商行政管理局设立登记，提交材料 ：(1)设立登记申请书； (2)全体设立人签名、盖章的设立大会纪要； (3)全体设立人签名、盖章的章程； (4)法定代表人、理事的任职文件和身份证明； (5)全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单； (6)法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件； (7)住所使用证明(8)、指定代表或者委托代理人的证明； (8)合作社名称预先核准申请书； (9)业务范围涉及前置许可的文件。不收任何费用。
2、公安局制定刻章，提交材料 合作社法人营业执照复印件、法人代表身份证复印件、经办人身份证复印件，收费400元上下。 3、质量技术监督局办理组织机构代码证，提交材料 (1)合作社法人营业执照副本原件及复印件一份；(2)合作社法人代表及经办人身份证原件及复印件一份； (3)如受他人委托代办的，须持有委托单位出具的代办委托书面证明。 收费内容：108元/证，工本费：正本每份10元，副本每份8元，技术服务费90元。
4、国家、地方税务局申领税务登记证，提交材料 (1)法人营业执照副本及复印件； (2)组织机构统一代码证书副本及复印件； (3)法定代表人(负责人)居民身份证或者其他证明身份的合法证件复印件； (4)经营场所房屋产权证书复印件； (5)成立章程或协议书复印件。免收税务登记工本费。
5、办理银行开户和账号，提交材料： (1)法人营业执照正、副本及其复印件； (2)组织机构代码证书正、副本及其复印件； (3)农民专业合作社法定代表人的身份证及其复印件； (4)经办人员身份证明原件、相关授权文件； (5)税务登记证正、副本及其复印件； (6)合作社公章和财务专用章及其法人代表名章。不收费 。
6、当地农经主管部门备案，提交材料 (1)法人营业执照复印件； (2)组织机构代码证书复印件； (3)农民专业合作社法定代表人的身份证复印件； (4)税务登记证正、副本复印件。